Пролетта 2000 Високиот Комисионер за национални малцинства на ОБСЕ даде иницијатаива за дискусија за фондација на интернационални донатори за нов универзитет во Република Македонија. Следејќи го усвојувањето на законот за високо образование од страна на Парламентот на Република Македонија кој дозволува основање на универзитети со не-државно финансирање и главно предавање на Албански јазик, деталното планирање започна кон крајот на 2000.Изградбата започна во Март 2001 и Универзитетот на Југо-источна Европа (ЈИЕ) се отвори шест месеци подоцна со 900 студенти. Во Октомври 2002 бројот на студентитите се покачи на 2250, а во Октомври 2003 ЈИЕУ имаше 3700 студенти.